普通念珠藻de novo测序及与点状念珠藻比较基因组分析.docx

摘要:普通念珠藻是一种可以食用的丝状蓝藻，它富含大量的营养元素。另一方面，普通念珠藻有很强的环境适应能力。然而，由于普通念珠藻的全基因组测序并未被公布过，因此，对普通念珠藻基于分子水平的特性探究十分少见。

基于三代测序PacBio平台对普通念珠藻进行全基因组测序。使用Pacbio SMRT，构建20Kb的文库。总共得到1168.23MB的Subreads, Subreads的数量是182,657，其平均长度为8.8 Kb , Subreads N50的数量是7,982 。序列组装后，共得到7个环状的Contig ，包含了6.5Mb的染色体基因组和6个质粒，质粒的大小分别为1.8Mb, 147.9Kb, 146.0Kb, 98.8Kb, 47.3Kb和42.6Kb 。将所有的Subreads 比对回序列组装结果，统计出平均覆盖度为136.86X，平均质量值为99.97%, 错误率在0.03%左右。使用生物信息学的方法对普通念珠藻的全基因组进行预测和注释，预测到7154个CDS, 83个misc_RNA, 66个tRNA, 12个rRNA和1个rmRNA 。（G+C）含量为41.7% 。预测到7316个基因，这些基因的平均长度是687bp, (G+C) 含量为42.9% 。同时，将预测到的CDS比对到COG,GO和KEGG数据库，对CDS的功能参照数据库进行分类。

本次研究第一次对普通念珠藻的全基因组进行测序，以揭示其基因组信息，从分子水平探究它的基因特性，蛋白特点以及一些重要的代谢机制。

关键词：普通念珠藻；基因组测序；基因预测；功能注释

目录

摘要

ABSTRACT

1.文献综述-1

1.1普通念珠藻的分类-1

1.2普通念珠藻的形态结构-1

1.3普通念珠藻的生态分布-1

1.4普通念珠藻的生理功能-1

1.5普通念珠藻的营养价值和开发利用-1

2.研究报告-2

2.1实验材料与方法-2

2.1.1实验材料采集-2

2.1.2 DNA的提取-2

2.1.3全基因组测序与组装-2

2.1.3.1全基因组测序-2

2.1.3.2数据质量统计-3

2.1.3.3组装方法-3

2.1.4基因预测和注释分析-3

2.2结果-3

2.2.1全基因组测序与组装-3

2.2.2基础分析-4

2.2.3基因预测和注释分析-6

2.2.3.1 COG分析-6

2.2.3.2 GO分析-7

2.2.3.3 KEGG分析-10

2.3普通念珠藻与近缘物种的比较-11

2.3.1普通念珠藻与近缘物种的基因组信息比较-11

2.3.2普通念珠藻与近缘物种的次生代谢通路比较-11

2.3.3 普通念珠藻与点状念珠藻COG注释比较-13

3.讨论-16

致谢-20

参考文献-20